见孙元起犹豫，内田康哉急忙趁热打铁：“孙校长，近代以来，我们日中两国国门都曾被欧美列强的坚船利炮所打开，使得国家备受欺辱，至今人民在国际上仍被视为低劣民族，这是我们万万不能忍受的日中两国乃是一气连理、一衣带水的睦邻友邦，理应互相提携，对抗欧美霸权，实现东亚共荣”
从小看抗战影视剧，但凡日寇、汉奸，言必称“中日提携”“东亚共荣”，所以对这两个词极端反感。见日本公使也是这个调调，孙元起便冷笑着问道：“据我所知，自从贵国‘近代教育之父’福泽谕吉先生提出‘脱亚入欧论’以来，一直被贵国政府奉为圭臬，积极向欧美看齐。现在公使大人口口声声都是‘对抗欧美’‘东亚共荣’。敝人现在倒是糊涂了，贵国对于亚洲到底是脱呀？还是不脱呀？”
1885年3月16日，福泽谕吉在《时事新报》上发表了一篇两千多字的社论，这就是著名的《脱亚论》。“脱亚入欧”这个说法，在文章里正式被提出来。在《日本政治史》的年谱中，专门给这件事列了条目，编入1885年发生的重大事件中，由此可见其重要性。
福泽谕吉在文中写道：“为今日计，我国不应犹豫等待邻国之开明而共同振兴亚细亚，不如脱离其行列与西方文明之国共进退；对待支那、朝鲜之法，亦不能因其为邻国而给予特别关照，唯有按西洋人对待彼等之法处理之。”按照福泽谕吉的说法，对于中国、朝鲜，不当以友好邻国看待，而应该和西方列强一样，视之为可以瓜分的殖民地。因为脱亚入欧的“伟大”言论，以及他在教育上的贡献，福泽谕吉的头像如今印刷在日本最大面额的万元纸币上。
内田康哉没想到孙元起突然提这茬儿，过了半晌才辩解道：“我国所言脱亚入欧，只是在政治、经济上变革亚洲的旧体制，积极向西方文明国家看齐而已；但是在文化上，我们的根源一直留在亚洲，从来没有动摇过。”
“是么？原来是这样啊。”孙元起看是肯定的回答，可即便是傻子也能从话语听出浓浓的怀疑味道。
事实上，在脱亚入欧的时候，日本选择了与中国文化进行彻底决裂。甚至在明治维新时，汉学一度被剥夺了教学权。据杨守敬说，明治维新之后很长一段时间内，欧风美雨肆虐日本，而其国民也提倡新学，唾弃旧学，汉文古籍被视为落后的象征，士大夫弃古书如敝屣。杨守敬趁机搜罗，从森立之、岛田重礼等日本藏书家那里购得汉籍珍本及国内散佚秘籍六百五十四种，三万多卷。其后，又有王国维、傅增湘、董康、张元济、孙楷第等人先后到日本访书，导致清末民初之际出现了罕见的日本汉文典籍回流现象。
可内田康哉依然死鸭子嘴硬，点头答道：“正是这样”
孙元起点点头：“既然公使大人也认为日本人民的文化根源一直在亚洲，那么我们应该更加珍视、认真学习才对，争取把优秀的东亚文明发扬光大。我给贵国的留学生名额，也正是出于这一点考虑。没想到，公使大人与我不谋而合，真是心有灵犀啊”
这一番话，直把内田康哉憋得脸红脖子粗，吭哧半天也没说出话来。
长冈半太郎赶紧解围：“福泽先生所言，乃是基于四十年前变法维新之际的日本国内形势所言，正如贵国日常说的，‘矫枉必须过正’。现今我国也在反思和纠正这个问题。但是，这么多年的历史事实向我们证明，光学习东亚传统的文化是不能够富国强兵的，必须还要积极学习西方的科学知识。孙先生您的学习工作经历，不也体现这一点么？”
长冈所言，揭露了中国文化至关重要的缺陷：可以守成，难以进取；注重精神修养，忽略物质文明。
见孙元起若有所思，长冈接着说道：“再者说，就人类文明的发展总趋势而言，科学应该是无国界的，因为科学是反映客观世界的本质联系及其运动规律的知识体系，它具有客观性、真理性和系统性，是真的知识体系。作为反映客观规律的科学本身，是没有阶级性和民族性的。
“而且研究科学的根本目的是造福于全人类，一切科学知识和研究成果也最终为全人类所共享，因此，科学知识的传播就具有超越性和国际性，可以为任何一个民族、任何一个国家、任何一个阶层服务。所以，敝人恳请孙先生能敞开胸怀，容纳更多的日本学生”
切是，科学是无国界，可科学家有国界啊。
孙元起不愿驳斥，只好换个角度说：“可是各国留学生的名额，已经由外务部确认，并且发给各国，如果私自变更，恐怕多有不便吧？”
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