在最初兴办教育时，孙元起比较注重高精尖人才的培养，比如原子物理、电子技术等。他后来逐渐发现，高精尖学科的发展虽然可以以点带面，逐步提升中国的科研水平，但科研水平的发展对于工业水平的提升促进并不大，更多时候工业水平的落后会限制科技水平的提高。所以他在担任湖北提学使之后，开始有意识地加强工业技术人才的培养，先后建立了湖北高等工业学堂、水木工业学校等技术类院校，开办一大批诸如车辆工程、金属材料加工、工业设计、冶金工程、采矿工程、兵工技术等有利于国计民生的技术类专业，有力缓解了汉阳铁厂、北平铁厂、中华工业机械公司等企业对技术人才的需求。然而远水解不了近渴，湖北高等工业学堂、水木工业学校等院校培养的学生连近在咫尺的湖北、京师、直隶都满足不了，哪有余力来援助川、陕、甘三省？
孙元起记得两句古训：磨刀不误砍柴工；十年树木百年树人。所以尽管心里着急筹建工厂，而且不远的将来甚至会面临资金短缺，他还是决定先抽几天整顿一下四川的高等教育格局。
这里要特别说明一下，清末民初的高等教育不能等同于现在的高等教育。那时候教育水平相对低下，教育制度很大程度上是剿袭日本，所谓的“高等学堂”、“高等学校”只相当于现在的高中或中专。——当然，现在日本的高中还叫“高等学校”。——那时候真正意义上的大学仅有京师大学堂、北洋大学堂等寥寥几所而已。
即便教学内容仅仅相当于现在的高中水平，在此刻的四川也没有几所。
就孙元起所知，现在四川的最高学府是光绪二十八年由四川中西学堂、尊经书院、锦江书院合并而成的四川省城高等学堂，其次是光绪三十一年创立的四川通省师范学堂。接下来是所谓的“五大专门学堂”，即四川法政学堂、四川通省农政学堂、四川藏文学堂、四川高等工业学堂、四川存古学堂，此外还有四川高等巡警学堂、四川武备学堂等。这些学校一起构成了清末四川高等教育的主要阵容。虽然水平不高，但门类齐全。
对于如何整顿学校，孙元起在湖北时已经实战过一次，可谓行家里手。此次以总督之威驾轻车就熟路，更是得心应手。
首先，他对学校里面的老师进行裁汰，不合格的一律清退遣散，有空缺则由经世大学毕业生前来补齐；
其次对学生进行甄别，根据实际水平重新划定年级；
第三，根据各个学校的特色，重新设置专业、安排课时、选择教材，其中高等工业学堂更是调整的重中之重；
第四，把位于成都城内的通省师范学堂、法政学堂、高等工业学堂等学校全部迁到城外新划定的高教园区；
第五，把高等巡警学堂、武备学堂、陆军小学堂等军事性质的院校合并成四川陆军军官学校，孙元起自任校长，一方面招收中学生入学教育，一方面对jūn_duì中的各级军官展开培训；
……
经过整顿，整个四川的高等教育局面顿时焕然一新。如果不是手里资金有限，孙元起甚至准备对基础教育下手，在川、陕、甘普及推广五年义务教育。不过他已经预谋在三年以后，也就是一战爆发那一年，那时候自己也该赚得盘满钵满了，就把这个理想付诸实践。
忙忙碌碌中，时间进入了崭新的1912年。在所谓的民国元年开始，南北局势却因为大总统的职位之争而变得剑拔弩张。作为实力派和中间派，孙元起更是两方积极拉拢的对象。在新年的头十天里，他这个北方内阁的学务大臣、南方政府的教育总长，至少分别接到二十封电报催他赶快前来就职，仿佛都在用这种方法逼孙元起表态。
而孙元起在完成整顿学校之后，也已经把出川之行摆上了案头。。。)
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