不久科布多全境失陷。
丹毕坚赞对中国非常憎恶，对待中国俘虏更是极为残酷，曾以匕首划开俘虏胸膛，亲手伸入胸腔摘取心脏，然后使用这些心脏与俘虏的大脑、血液混合，献祭于藏传佛教诸神。——就是这样的一个人，因为对外**立“有功”，被哲布尊丹巴封为活佛，成为外蒙古西部的军事统治者。
正是由于丹毕坚赞的罪恶行径，孙元起毫不迟疑地把科布多城列为这次打击的重点目标，发誓要把丹毕坚赞藏身之处炸成一根烂油条。
1913年2月1日下午一时许，正是达官贵人饮酒作乐酒酣耳热的时候，两架轰炸机在侦察机的引导下飞临科布多城上空，对城主府、丹毕坚赞住宅、军营等地点投掷了8枚巨型汽油燃烧弹，顷刻之间将这几处地方化为一片火海。
1913年2月2日下午一时许，两架轰炸机在轰炸完乌里雅苏台之后再次光临科布多城，对剩余的军事要地进行轰炸。不过这次效果明显没有上次那么突出，科布多城王公喇嘛一听到“嗡嗡”的飞机声音，就像受惊的兔子，立即跳上快马向城外狂奔。从天空上看，科布多城仿佛如同一个被捅了的马蜂窝，不管是活佛喇嘛还是走夫乞丐，都拼命地远离这座灾难之城。
1913年2月3日下午一时许，恐吓完库伦之后，两架轰炸机又一次莅临科布多城进行例行轰炸。不过这次每架飞机只携带两枚燃烧弹，因为此时科布多城已经成为无人居住的鬼城。除了燃烧弹，飞机携带更多的是宣传单，在宣传单中孙元起明确指出：除非丹毕坚赞身逃到国外，否则将对他的藏身之所进行持续无限制轰击。
但谁也不知道丹毕坚赞身在何处，此后他也没有再出现过。绝大多数历史学家猜测他已经在第一天的轰炸中死于非命，但这个猜测无法获得证实，因为熟悉丹毕坚赞的人大部分已经在轰炸中死去，少数知道的也都怕受株连而逃之夭夭，没有谁愿意出面作证。于是丹毕坚赞的生死就成了历史上的一个谜团。
对于孙元起势若雷霆的惩膺行动，作为受害者，不知是轰炸的效果太过震撼，致使库伦当局惊讶失声，还是外蒙幅员辽阔交通不便，导致抗议的消息现在还没有传到北京，又或者是撒在库伦的传单威慑力十足，吓得哲布尊丹巴闭口不言，总之，外蒙保持了少有的缄默。
袁世凯素来消息灵通，无论是孙元起派轰炸机出动，还是四省三路出兵，他肯定都了如指掌。不过他对外蒙早已心怀不满，只是碍于种种原因才没有出兵，此次由孙元起代劳，揍得哲布尊丹巴晕头转向，还是学雷锋做好事不留名，心里爽得跟刚做完马杀鸡一样。他又怎么会自己主动捅出来呢？
英、美、日各国使馆或许知道一些端倪，但决不会主动替沙俄或外蒙出头。
所以最后跳出来的又是俄国人。
俄国驻华公使库朋斯基很快就中**队杀害俄国侨民及外交人员、损害俄国在外蒙的利益，气冲冲地向袁世凯、外交部提出严重抗议，并索要巨额赔偿，声称中国政府如果不在24小时内做出答复，一切后果自负。
外交总长陆徵祥作为老牌外交家，一本正经地说道：“我国政府对贵国在华侨民及外交人员的遇难、以及造成的利益损失表示遗憾，不过——”
“不是在华，是在外蒙！”库朋斯基纠正道。
陆徵祥道：“请问公使阁下，外蒙是不是中国的一部分？”
“根据去年12月提出的中俄交涉六项条件，在两国没有签订条约之前蒙古为主权国家，所以现在不是中国的一部分。”库朋斯基据“理”力争。
“既然如此，那陆某就和公使阁下好好探讨一下外蒙问题！”之前陆徵祥每次去找库朋斯基商谈取消《俄蒙协约》问题，他都态度强硬不予回答，甚至干脆避而不见，这次送上门的机会陆徵祥自然要好好把握，“说到中俄交涉六项条件，我们必须要先从《俄蒙协约》说起。贵国擅自与库伦签订《俄蒙协约》……”
“……”库朋斯基只好满头黑线地和陆徵祥辩论起外蒙地位问题。
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